بعد ان اعلن الدكتور جمال نوارة آمين عام مجلس الجامعات الخاصة والاهلية انتهاء المرحلة الاولي من تنسيق الجامعات الخاصة والاهلية الذي تم فيه اختيار الطلاب لكليات طبقا لمجموع شهادة الثانوية العامة , فقد بدأت فعاليات المرحلة الثانية والتي سوف تستمر حتي 5/9/2013 على كافة الجامعات التي بها اماكن شاغرة.
لكن المفاجئة التي اظهرها تنسيق القبول بالجامعات الخاصة 2013 هو وجود كليات مثل الطب والصيدلة والهندسة شاغرة وتحتاج إلى توجيه رغبات الطلاب لشغر هذه الاماكن , هذا الامر كان مستبعد بشكل كبير من قبل طلاب المرحلة الثانية , نظراً لان تطبيق تنسيق القبول بالجامعات الخاصة 2013 لأول مرة على الجامعات الخاصة والاهلية اتي على حلم بعض الطلاب في دخول كليات القمة دون الحصول على الحد الأدنى بالجامعات المصرية الحكومية , لكن مفاجئة تنسيق القبول بالجامعات الخاصة 2013 اتت بكثير من الآمال والفرحة على طلاب المرحلة الثانية لاستكمال دراستهم الجامعية التي يرغبون بها.
والجدير بالذكر بان نظام التعليم الخاص بالجامعات الخاصة والاهلية كن يتيح لها حرية تسجيل الطلاب بشكل التي تريده حتي تحديد الدرجات القبول بكل كلية كان يخضع لها وليس لوزارة التعليم العالي , إلا ان وزير التعليم العالي الدكتور حسام عيسى امر بان تكون الجامعات الخاصة والاهلية لها مكتب تنسيق وان يلغى نظام حجز الاماكن الذي شاب جميع الجامعات الخاصة بانها جامعات ربحية وليس تعليمية.